Die Behandlung eines an Karies erkrankten Zahnes ist vom Ausmaß der kariösen Zerstörung abhängig. Je länger man mit der Behandlung wartet, um so weiter schreitet der Zerstörungsprozess fort, die Behandlung wird umfangreicher, unangenehmer und schwieriger. Im Extremfall ist eine Reparatur des betroffenen Zahnes nicht mehr möglich, mit der Folge, dass er gezogen werden muss.
Ist die Karies aber noch nicht zu weit fortgeschritten, dann wird der Zahnarzt zunächst das kariöse Material mit einem schnell laufenden Schleifinstrument entfernen. Zwar spricht man hierbei vom "Bohren". In Wirklichkeit wird aber kein Loch gebohrt, sondern kranke, zur Erzielung einer zweckmäßigen Kavitätenform aber auch gesunde Zahnhartsubstanz beseitigt. Nach dem Bohren bleibt je nach Ausmaß der Karies unterschiedlich viel gesunde Zahnhartsubstanz übrig. Ist der verbliebene Rest der Zahnkrone stabil genug, um den Kaukräften zu widerstehen, kann der vorbereitete Raum im Zahn mit einer Füllung verschlossen werden. Sie besteht aus plastischen Materialien wie Silberamalgam, Composite oder einem Gusskörper (Inlay), der nach Abdruck angefertigt und dann einzementiert wird. Vor dem Einbringen der Füllung deckt der Zahnarzt die der Markhöhle nahe gelegenen Stellen des Zahnbeins durch eine Unterfüllung (Zement) ab. Diese Unterfüllung schützt das Zahnmark vor thermischen und chemischen Reizen.
Bleibt nach der Kariesentfernung nur eine sehr geschwächte Zahnkrone zurück, so muss der Zahn mit einer Krone versorgt werden.
Ist durch eine schon sehr weit fortgeschrittene Karies bereits das Zahnmark entzündet oder abgestorben, so kann in vielen Fällen eine Wurzelbehandlung den Zahn erhalten.
Hierbei wird zunächst der Hohlraum, in dem sich das Zahnmark befindet, aufgebohrt. Anschließend entfernt der Zahnarzt das Markgewebe und säubert den entstandenen Hohlraum von Geweberesten und eventuell vorhandenen Bakterien. Mit einem speziellen Wurzelfüllmaterial wird der Hohlraum abschließend wieder dicht verschlossen. Voraussetzung für den dauerhaften Erfolg einer solchen Wurzelkanalbehandlung ist, dass der Wurzelkanal bis zur Wurzelspitze bearbeitet und abgefüllt werden kann. Diese Möglichkeit ist nicht immer gegeben, z. B. bei einer starken Krümmung der Kanäle.
In solchen Fällen kann die Erhaltung des Zahnes durch einen chirurgischen Eingriff, der Wurzelspitzenresektion, versucht werden. Hierbei wird unter örtlicher Betäubung von außen die Wurzelspitze freigelegt und zusammen mit dem entzündeten Gewebe entfernt.